至此，自1952年院系調(diào)整以來所形成的四校分治的局面結(jié)束了。浙江大學(xué)由此停止了對(duì)蘇聯(lián)模式的使用，恢復(fù)了1952年之前的學(xué)科設(shè)置，重新成為了綜合性大學(xué)。
1999年，浙江大學(xué)成為首批9所列入國(guó)家“985工程”建設(shè)計(jì)劃的全國(guó)重點(diǎn)大學(xué)之一。
2007年1月21日，浙江大學(xué)恢復(fù)了1952年院系調(diào)整時(shí)停辦的航空航天系，該系隸屬于新成立的航空航天學(xué)院。
2009年上半年，浙江大學(xué)實(shí)行了學(xué)部制，全校調(diào)整為七大學(xué)部——人文學(xué)部、社會(huì)科學(xué)學(xué)部、理學(xué)部、工學(xué)部、信息學(xué)部、農(nóng)業(yè)生命環(huán)境學(xué)部、醫(yī)藥學(xué)部。10月9日，中國(guó)的九校聯(lián)盟（C9）啟動(dòng)，浙江大學(xué)成為聯(lián)盟成員之一。
2012年6月10日，浙江大學(xué)成立了海洋學(xué)院，學(xué)院由海洋科學(xué)系、海洋工程學(xué)系、海洋信息學(xué)系和海洋經(jīng)濟(jì)管理系組成，隸屬于工學(xué)部，位于浙大新成立的舟山校區(qū)。
2013年5月15日，浙江大學(xué)與英國(guó)帝國(guó)理工學(xué)院就建立聯(lián)合學(xué)院事宜簽署了“浙江大學(xué)——帝國(guó)理工聯(lián)合學(xué)院合作諒解備忘錄”，浙江大學(xué)成為中國(guó)首個(gè)在世界名校建立海外校區(qū)的高校。
2017年9月，浙江大學(xué)入選國(guó)家“雙一流”A類（世界一流大學(xué)和一流學(xué)科）建設(shè)高校。