北航控制科學與工程碩士共有七個研究方向，分別是控制理論與控制工程、控制理論與控制工程、模式識別與智能系統，嵌入式系統與測控網絡，自動測試與智能檢測，自動檢測與嵌入式技術智能儀器與智能機器人，先進飛行控制、導航、制導與智能決策，計算機系統可靠性與信息安全，現代仿真與虛擬技術。上述方向第一個就是所謂的雙控，第二個是模式識別，第三四個是檢測，最后三個是導航制導與控制。除了雙控比較偏重理論之外，其他都是以工程為主的，從學科來講導航制導比較好，檢測也不錯，導航是北航的王牌專業。導航是以飛控為主，但也做民用，雙控主要是做理論，偶爾有做工程的也是理論應用的分析，檢測主要做硬件，比如傳感器等，模式識別就做圖像處理，指紋識別等等。
